Antara kepindahannya baru-baru ini ke Tokyo dan hari pertama sekolah menengah, Rei memulai harinya dengan penuh kecemasan dan rasa tidak aman. Kegugupannya menemaninya ke ruang kelas, dimana di tengah obrolan kelas, Rei tiba-tiba dilanda mimpi aneh, disusul rasa sakit di dadanya. Begitu dia bangun, Rei disambut oleh makhluk kecil yang berdiri di mejanya. Melewatinya sebagai bagian dari mimpinya, Rei pulang ke rumah. Namun, yang mengejutkannya, banyak makhluk aneh lainnya dari segala bentuk dan ukuran berkeliaran di jalanan, tampaknya tidak terlihat oleh orang lain. Dengan pertanyaan yang tak terhitung jumlahnya dan makhluk kecil dari sebelumnya mengikuti di belakangnya, hidup Rei berubah selamanya ketika dia bertemu dengan sosok tinggi bermata satu, berpakaian serba hitam, tersenyum padanya.